Osnovna delatnost organizacione jedinice usmerena je na mikrobiloško ispitivanje
- humanih uzoraka (klinička mikrobiologija)
- uzoraka iz životne sredine (sanitarna mikrobiologija).

Klinička mikrobiologija obuhvata ispitivanje iz oblasti:

- bakteriologije
- serologije
- parazitologije sa mikologijom

Obim usluga kliničke mikrobiologije:

- Bakteriološki pregled: svih vrsta briseva, sekreta, ekstrata, punktata, transudata, eksudata, krvi, fecesa i urina na mikroaerofilne bakterije,
- Utvrđivanje osetljivosti na antimikrobne lekove
- Utvrđivanje osetljivosti na antimikrobne lekove; antibiogram
- Preliminarnu dijagnostiku tuberkoloze
- Dijagnostika bakteriološkog kliconoštva u brisevima guše nosa
Parazitološki pregled: fecesa, perianalnog otiska i parazitološko kliconoštvo na protozoe i helminte

Mikološki pregled: kože, sluznica, dlake i fecesa na dermatofitete i kvasnice

Imunološki pregled seruma na antitela / antigenene virusa i bakterija.
Obrada humanih uzoraka - bakteriološka ispitivanja vrši se: morfološki, kulturelno, biohemijski i serološki, klasičnim i specifičnim metodama.
Obrada humanog seruma - serološka ispitivanja vrši se:

- hemaglutinacionim metodama (Paul-Buwnel-ova reakcija, TPHA)
- aglutinacionim metodama (Vidal-ova i Wright-ova reakcija)
- Eliza - imunofluorgescentnim tehnikama (Elfa metoda) (HIV i HBsAg)
- Lateks metodama (ASTO, CRP, RF)